Начальник области снова и снова встречался с царевной, поручиком Агамоловым по вопросу отправки Ираклия в Петербург. Зная домашнюю обстановку Агамолова, Бебутов пришел к выводу, что, имея природный ум, он был несчастен слабостью в кругу семейства и по всему не мог быть причиною упрямства дочери. В беседах с царевной Бебутов подчеркивал, что распоряжение правительства для нее, сына и родителей впоследствии имеет очень важное значение. Бебутов видел из бесед с нею, что она сдаваться не собирается. Но царевна в исступлении объявляла, что она этого сделать не позволит и сама убьет сына кинжалом, если его будут брать насильно. При этом она упрекала своего отца в том, что он является причиной требования правительством ее сына. Чтобы предупредить худые последствия, Бебутов пришел к выводу отправить супругу беглого царевича Александра в Тифлис, может быть, смена обстановки смягчит ее позицию.
Генерал Бебутов намеревался отправить царевну Марию с сыном Ираклием в мае, когда открылись перевалы. Но царевна отказалась, сославшись на то, что решит окончательно после того, как напишет письмо барону Розену и получит от него ответ. Такое письмо после длительной затяжки она написала только 8 июня. В нем она просила разрешения задержаться в Эривани. В июле был получен ответ Розена, в котором тот полагал, что не стоит отсрочивать отъезд из Эривани и немедленно приехать с сыном в Тифлис, где они могли бы находиться сколько пожелают и решить, ехать ли в Петербург или возвратиться в Эривань к родственникам. А за сына она могла не беспокоиться, так как заботливость правительства не оставит его без внимания и сделает все, чтобы подготовить его к жизни, тогда как, находясь в Эривани, он не сможет получить воспитания, приличного его званию. Если же она его отпустит в Персию, то никто не мог поручиться, что он, оставаясь также без образования, не сделается современным мусульманином. При этом Розен напомнил, что царевич Александр уже преклонных лет и ему самому жизнь скитальца в тягость. Он советовал поразмыслить об этом и о том, что может произойти с сыном в Персии. Он предлагал ей положиться на милосердие императора и не лишать сына счастья.
Царевич Ираклий был зачислен на воспитание в малолетний Александровский кадетский корпус и пожалован в пажи к высочайшему двору с зачислением в общий и кандидатский список Пажеского корпуса для определения в него в будущем.
5 мая 1835 г. царевна Мария в письме барону Розену писала: «Долгом почитаю с глубочайшим почтением объявить вам чувствительную мою благодарность за доброе расположение ко мне, оказанное в Тифлисе мне с малолетним сыном моим Ираклием; равным же образом за милостивое расположение вашего высокопревосходительства при отправлении нас в С.-Петербург. Я во всю жизнь свою мою приятною себе поставлю обязанностью помнить ходатайство у вашего правительства особы вашей, по которому я и малолетний сын мой Ираклий удостоены особой Монаршей милости. Таким образом, я, будучи совершенно уверена, что вы в благоденствии моем с сыном принимали отцовское попечение, нужным считаю сообщить вам. Что я вместе с сим, в особом письме к мужу моему, царевичу Александру, описав со всею подробностью прежние и настоящие обстоятельства мои, просила прибегнуть по примеру блаженной памяти отца его, царя Ираклия, под покровительство всемилостивейшего Г. И. и при согласии с моим желанием иметь вас, как благодетеля его семейства, ходателем у Е. В., в той лестной для меня надежде, что вы, принимая во уважение старые лета его и преданность Русскому правительству отца его, царя Ираклия, не оставите оказать ему перед Всеавгустейшим Монархом защиту и тем, усугубив благодеяние ваше ко мне, поставите в непременную обязанность остаться покорнейшую слугою и проч.».
Барон Розен познакомил князя Бебутова с этим письмом, считая, что в этом была немалая заслуга и генерала.
Но главным для князя Бебутова было управление областью. И здесь он большое внимание уделял обеспечению правовой базы управления. Он принял активное участие в разработке временных правил для управления областью. В работе над ними он использовал прежний опыт подготовки документов по Имеретии, в Ахалцихе, учитывая те недостатки, которые в них имелись при реализации на практике. Правила были утверждены императором 23 июня 1833 г. Это имело важное значение, поскольку создавало правовое поле, определяло компетенцию всех органов управления. В целом князь Бебутов успел прочно применить созданную систему, управляя областью в течение восьми лет, устроил администрацию, установил правильное распределение податей и казенных доходов.
Поскольку Армянская область имела границу с Персией, то ее начальнику В.И. Бебутову приходилось много заниматься урегулированием пограничных вопросов. Имея большой опыт работы с персидскими чиновниками, он с присущим ему тактом и знанием дела добивался точного исполнения инструкции по окончательному разграничению российских и персидских владений, установлению границы. В 1833 г. за отличное проведение данной работы он получил от персидского шаха высшую награду государства – орден Льва и Солнца 1-й степени с алмазными украшениями.
Проявляя особую заботу об экономическом развитии области как основы благосостояния населения, В.И. Бебутов большое внимание уделял развитию сельского хозяйства, предпринимательства, народных промыслов. Он всячески поощрял внедрение всяких полезных новшеств. При нем был произведен 4 декабря 1830 г. первый посев марены, доставленной в Эривань из Дербента и хорошо здесь прижившейся.
1837 г. для Бебутова стал очень важным испытанием. Император Николай I, инспектируя в сентябре – октябре Кавказ, решил побывать в Армянской области и посмотреть на крепость Эривань, вокруг которой столько лет шла возня русских войск, которые никак не могли ее взять. И наконец, во время Русско-персидской войны войска под командованием генерала И.Ф. Паскевича взяли эту сильнейшую крепость, и она вошла в состав России.
Князь Бебутов, зная, что император берет в свой конвой для сопровождения молодежь из знатных родов, заранее подготовил такую группу людей из армянской молодежи. Причем, чтобы исключить любые случайности, он лично отбирал их не только по росту, внешнему виду, но и по уму, ловкости и преданности российскому престолу.
Император осмотрел Эчмиадзин, встретился с главой Армяно-григорианской церкви католикосом, с которым состоялась продолжительная беседа. Затем он осмотрел Эриванскую крепость. Везде его встречали толпы радостных людей, которые выражали императору свою искреннюю благодарность за освобождение их из-под власти Персии.
Во время пребывания императора в области В.И. Бебутов, несмотря на то что болел, хотел быть с императором рядом, чтобы всегда давать необходимые пояснения со знанием дела, зная обо всем, интересовавшем императора, в мельчайших подробностях. Но император, узнав о болезни начальника