Во время пребывания императора в области ему было подано много жалоб на злоупотребления местных властей. Берже так описывал данную ситуацию: «Во все это время стояла самая ненастная погода, а в день выезда государя из Эчмиадзина дождь лил как из ведра и до того испортил дорогу, что его величество, бросив экипаж, прибыл в Эривань верхом и в бурке. Направившись прежде всего в собор, он отслушал молебен и затем отправился в алтарь, где, между прочим, сделал замечание священнику за недостаточно бережливое хранение вещей, пожертвованных собору государыней Александрой Федоровной. Из собора его величество отправился в приготовленную для него квартиру в сардарском дворце, живописно расположенном на берегу реки Занги. Там, около пяти часов пополудни, был сервирован обед, за которым, кроме свиты, присутствовали барон Розен и другие высшие лица военной и гражданской администрации. Еще государь сидел за столом, как до него начинали доноситься из собравшейся около дворца толпы крики: „арзымиз вар коимирляр“, то есть „у нас есть прошения, но не пускают“. На вопрос императора, что это за возгласы, барон Розен отвечал, что это крики восторга по случаю приезда императора. Но император, будучи не удовлетворен этим объяснением, приказал графу Адлербергу разузнать сущность дела. Граф отправился и вскоре возвратился с кипою просьб, при ближайшем рассмотрении которых многие оказались пустого содержания и даже листами бумаги. По окончании обеда император лично отправился к толпе и в ходе продолжительной беседы выслушал много жалоб на полицейское и окружное начальство, в особенности на ряд окружных начальников. Не избежал нареканий и областной начальник В.И. Бебутов, в частности, за слишком обильное обременение жителей натуральными повинностями (которые, кстати, были утверждены императором), допущение злоупотреблений в местной администрации», что и было, по утверждению А.П. Берже, причиною смещения и отправки Бебутова в царство Польское, где он занимал должность коменданта Замойской крепости.
Здесь автор явно преувеличивает гнев императора против начальника области В.И. Бебутова, исходя из того, что В.И. Бебутов 4 апреля 1838 г. был назначен членом созданного совета Главного управления Закавказского края. После этого 2 мая 1840 г. он получил назначение состоять при Главном штабе действующей армии и 19 апреля 1842 г. назначен комендантом крепости Замостье. Но в целом император дал положительную характеристику генералу Бебутову. Именно по его рекомендации В.И. Бебутов был назначен членом Главного управления.
Но император не был удовлетворен положением дел в целом на Кавказе. После его отъезда начались перемены в руководстве на Кавказе. Совершенствовалась структура управления в Закавказье. Император выдвигал на должности тех, кого он увидел в работе при своем непосредственном общении.
Указом от 19 февраля 1838 г. был образован совет Главного управления Закавказским краем. 4 апреля 1838 г. князь В.И. Бебутов, как опытный администратор, был назначен членом совета Главного управления Закавказским краем. Работать ему пришлось уже с новым управляющим на Кавказе и командующим Отдельным Кавказским корпусом генералом Е.А. Головиным, который сменил отправленного в отставку барона Розена.
Как члену Главного управления Закавказского края В.И. Бебутову приходилось выполнять различного рода важные поручения, занимаясь гражданскими делами. За 8 лет пребывания в Армянской области он досконально изучил все стороны гражданского управления, поэтому ему не понадобилось продолжительного времени, чтобы войти в курс дела.
Летом 1838 г. в Ахалцихской провинции появилась чума, которая была занесена с сопредельной турецкой территории. Местные власти принимали меры по недопущению заразных заболеваний и ее прекращению в местах появления. В самом Ахалцихе 19 июля умерла женщина, а 23 июля и ординатор военного госпиталя Генкель, который лечил заболевшую. В то же время он заболел сам. В связи с этим всем начальствующим в Ахалцихской области было дано предписание об учреждении временного карантина на сообщении с Гурией, восстановлено действие временного карантина в Багдаде, учреждена кордонная линия между Александрополем и Ахалкалаки с тем, чтобы все едущие в Грузию направлялись в александропольский карантин. Были устроены карантины в других местах.
Для оказания помощи недавно назначенному начальнику Ахалцихской области генералу Клюки фон Клугенау, которому трудно было сразу быстро разобраться в обстановке в Ахалцихе, в конце августа был послан для распоряжений член совета Главного управления Закавказским краем князь Бебутов с чрезвычайными полномочиями. Видимо, при этом учитывали то, что он в свое время управлял пашалыком. Ему было поручено принять все необходимые меры по недопущению распространения и проникновения чумы в смежные территории: Грузию и Имеретию. Кроме того, в район распространения чумы были командированы два медика из врачебной управы и два военных медика для выполнения медицинских обязанностей при вновь учрежденных карантинах, для оборудования которых также высланы 200 палаток. Также были назначены по офицеру на комиссариатские должности и по 20 рядовых и унтер-офицеру для содержания караулов.
Прибыв в Ахалцих, В.И. Бебутов повел себя очень тактично по отношению к новому начальнику не только в силу своего характера, но и потому, что знал взрывной характер Клюки фон Клугенау, человека безумной храбрости и резкого в отношениях с людьми, особенно когда это задевало его самолюбие. Отношения с генералом у них установились хорошие, деловые. В этом, как ни странно, ему оказал большую помощь адъютант Клюки фон Клугенау капитан Евдокимов, человек выдержанный, благоразумный, имевший большое влияние на генерала и нередко сдерживавший его во время вспышек гнева. Сочетание напористости Клюки фон Клугенау и тактичности В.И. Бебутова сыграло важную роль в борьбе с разраставшейся эпидемией. Князю Бебутову большую помощь в этом оказывало знание провинции и ее людей.
Вокруг Ахалцихской провинции была учреждена кордонная линия из пехотных войск и казаков. Все пограничные карантины, существующие в Ахалцихской провинции и временно учрежденные, были снабжены необходимыми очистительными материалами. Вся корреспонденция, поступавшая в Тифлис из других районов Закавказья, тщательно очищалась во временных карантинах. Начальнику Ахалцихской провинции было вменено доносить каждые три дня о ходе борьбы с чумою и о том, как выполняются данные ему предписания.
В Ахалцихе сработали очень хорошо с учетом того, что здесь пригодился большой опыт административной работы Бебутова, знание местных обычаев и умение воздействовать на население, среди которого было немало тех, кто хорошо помнил начальника пашалыка генерала В.И. Бебутова. Вскоре заболеваемость чумой в пашалыке пошла на убыль. Чумная зараза, к удовлетворению всех, была уничтожена. К 28 сентября в ахалцихском карантине оставалось всего три человека. В связи с этим было снято оцепление в пашалыке, а вскоре и карантин. Это лишь один из эпизодов, которыми приходилось заниматься В.И. Бебутову, работая в Закавказском управлении, где он пробыл два года, показав себя с наилучшей стороны.
Снова на военной службе