В присутствии князя Бебутова и прочих чиновников области, всего духовенства, патриарх Иоаннес принял в Эчмиадзинской церкви предварительную присягу. На следующий день 8-го числа, в 10-м часу вечера, состоялось помазание Иоаннеса в сан патриарха. В нем приняли участие начальник области князь Бебутов, духовенство Эчмиадзинского монастыря и из других мест, чиновники, многие почетные армяне, прибывшие для участия в церемонии из области и других провинций. Посвящение проходило на основании древних обычаев, великолепным церемониалом по прочтении высочайшей грамоты на российском и армянском языках. Во время Божественной литургии было совершено над ним помазание по древнейшим обрядам Армянской церкви.
Чтобы придать больше блеска торжественному обряду, по приказу генерала Бебутова находившийся в наряде батальон Тифлисского пехотного полка произвел стрельбу стрелковым оружием, а дивизион 3-й легкой роты Кавказской гренадерской артиллерийской бригады, участвовавший в параде, сделал 101 орудийный выстрел.
После совершения священного обряда и окончания литургии новопомазанный патриарх возвратился в свои покои.
Там старый патриарх Ефрем, который из-за болезненного состояния и физической слабости не мог присутствовать при помазании, выйдя из своей комнаты и посылая теплые молитвы к Всевышнему о сохранении здоровья и долголетия императору со всею фамилией, возложил на Иоаннеса знаки патриарха, присвоенные этому сану по обычаям Армянской церкви, носимые им прежде панагии, архиепископские кресты, перстни на руки. После этого началось поздравление присутствовавших на церемонии.
От имени правительства были даны обед и ужин, в присутствии около 300 человек военных и гражданских чиновников, почетнейших жителей местных и других регионов армян, представителей других народов, всего эчмиадзинского духовенства. В зале, где ужинали гости, был устроен красочный транспарант, представлявший регалии эчмиадзинских патриархов с вензелями Ефрема и Иоаннеса, осененные двуглавым орлом вензелевым именем императора. Присутствующими провозглашались тосты за здоровье императора. Вечером монастырь был иллюминирован и зажжен фейерверк с вензелем императора.
В донесениях В.И. Бебутова генералу Розену о торжествах указывалось на то, что все сословия армянской нации, собравшиеся там по этому случаю из разных стран, чрезвычайно радовались произошедшему событию, считая его счастливым предзнаменованием. Они считали, что всеми справедливо уважаемый достопочтенный католикос армян Ефрем сам был посвящен и помазан тоже 8 ноября, но только на 21 год раньше.
Придавая важное значение роли церкви в жизни населения области, ее возможностям в оказании помощи властям в управлении, В.И. Бебутов продолжал большое внимание уделять делам церковным. Это было особенно важно в условиях, когда григорианская церковь освободилась от преследования персидских властей и обрела самостоятельность. Как известно, на территории области в Эчмиадзине располагалась резиденция католикоса всех армян. Начальник области часто встречался с католикосом, обсуждал с ним острые вопросы жизни населения, советовался с ним.
Большое внимание уделялось храмовому строительству. 18 декабря 1832 г. окончилось строительство и была освящена церковь Покрова Божьей Матери в Эривани. Важное значение для григорианской церкви имело удовлетворение ходатайства начальника Армянской области князя Бебутова об открытии армяно-григорианского Синода. Наконец на основании высочайшего повеления 11 марта 1836 г. было утверждено положение об управлении Армяно-григорианской церковью. На его основании 22 февраля 1837 г. в Эчмиадзинском монастыре в торжественной обстановке, при огромном стечении верующих с участием начальника области Бебутова был открыт армяно-григорианский Синод.
Наконец-то в Армянской церкви были созданы условия для установления порядка. Когда все закончилось, начальник области князь Бебутов облегченно вздохнул. Одной головной болью стало меньше. Теперь, казалось, можно было спокойно заниматься делами области.
Но не тут-то было. Много хлопот ему доставила реализация указания императора Николая I о том, что дети грузинских царевичей должны направляться в Петербург для получения «приличного происхождению» воспитания за счет государства. В марте 1833 г. Бебутов получил предписание командующего корпусом барона Розена объявить матери царевича Ираклия, сына царевича Александра, и деду его мелику поручику Сааку Агамолову, что он должен выехать в Петербург для получения образования. Начальник области должен был обеспечить его всем необходимым и отправить в Тифлис с надежным чиновником. При желании мать могла сопровождать сына не только в Тифлис, но и в Петербург, а все издержки брались на счет казны. 10 марта Бебутов лично объявил матери Ираклия и его деду волю императора. При этом он добавил, что это должно быть сделано непременно с открытием весной горных дорог для следования в Тифлис. Однако жена царевича Александра категорически отказалась отпустить в дальний путь восьмилетнего сына, привязанного к ней до такой степени, что он без нее существовать не может. Генерал Бебутов долго уговаривал мать согласиться, убеждая ее в том, что учеба сына в столице открывает перед ним широкие жизненные перспективы и возможности для карьерного роста. Получив хорошее образование, он может через несколько лет возвратиться на родину и стать военным или гражданским чиновником. В.И. Бебутов при этом сослался на себя, рассказав о том, как он учился в Петербурге, какие он там знания получил и как это помогло ему в жизни. Но мать и слышать не хотела об отъезде сына. Ей было предложено ехать вместе с сыном. В конце концов она объявила, что ответ даст письменно.
Получив об этом информацию от Бебутова, барон Розен удивился такой реакции матери царевича и позиции деда поручика Саака Агамолова, с которым он имел предварительную встречу; тот уверял его, что все будет в порядке. Розена удивляла позиция матери, ее непонимание того, что, находясь в Армянской области, ее сын не получит образование, столь необходимое его происхождению, и из-за отсутствия таких возможностей может остаться невежественным. Розен заподозрил, что Саак Агамолов поддерживает дочь в ее стремлении не отправлять сына в Петербург. Он потребовал от Бебутова следить за тем, чтобы царевна не бежала, а Ираклия не украли, и добиться того, чтобы вопрос был разрешен положительно.
Большое внимание к Ираклию приобрело международный характер. Значительный интерес к нему проявляла Персия. Свидетельством тому были ходатайства правителя Адербейджана перед правительством России о разрешении супруге царевича Александра выехать с сыном в Персию. На это Розен секретно уведомил эмир-низама о невозможности переехать в Персию без пособия, в связи с ее бедностью. Кроме того, Бебутов получил известия, что царевич Александр после поступившего ему сообщения о том, что сын будет отправлен в Петербург, в отчаянии от такой разлуки решил прибыть в Тавриз с намерением просить тамошнее правительство ходатайствовать перед Россией о возвращении ему сына. В случае отказа он готов отправиться туда, где будет находиться его сын. Генерал Бебутов давал по этому поводу