16 мая патриарх провел заседание Эчмиадзинского синода в присутствии Бебутова, на котором зачитал отношение Блудова. Иерархи церкви встретили его одобрительно, поскольку им надоели излишние притязания Нерсеса и его жесткая позиция по отношению к ним, с целью все прибрать к своим рукам.
После этого встал вопрос о посвящении архимандрита Серафима в епископы. Члены синода предоставили право решения данного вопроса патриарху. Будучи на заседании синода с совещательным голосом, князь Бебутов объявил патриарху, что он, как глава армянского духовенства, по постановлению Эчмиадзинского монастыря имеет полную власть на выбор и посвящение в епископы людей достойных и что по этим вопросам он не обязан отчитываться ни перед кем.
Патриарх, услышав это от начальника области, обратился к членам синода с вопросом: «Правда ли, что власть точно зависит от меня?», на что те ответили утвердительно. Патриарх, наклонившись к князю Бебутову, тихо сказал: «В течение десяти лет я в первый раз слышу подобный ответ от моих братий». Из этого князь Бебутов сделал вывод, что патриарх, видя сильное влияние архиепископа Нерсеса на армянское духовенство, вынужден был действовать по его предложениям. Это князю Бебутову позже подтвердили и некоторые доверенные люди. После этого начались приготовления к посвящению архимандрита Серафима в епископы, выборам епископов в Астраханскую и Грузинскую епархии, а также подготовка грамот в епархии с сообщением, что Нерсес перемещен архиепископом в Бессарабскую епархию.
Князь Бебутов отметил, что решение о перемещении Нерсеса было с удовлетворением воспринято не только патриархом, но и значительной частью духовенства. Это было вызвано тем, что все видели, как под воздействием архиепископа Нерсеса власть патриарха стремительно ослабевала. Наблюдая за происходящим, начальник области пришел к выводу, что перемещение Нерсеса не будет иметь неблагоприятного действия на народ, так как тот в благоденствии мало обращает внимания на духовные дела. Патриарх, в возрасте 80 лет и перенеся невзгоды войны с Персией, был слаб здоровьем. Узнав о перемещении Нерсеса в Бессарабию, он был очень доволен и, по мнению Бебутова, казалось, получил «новую бодрость». Патриарх попросил князя Бебутова остаться в Эчмиадзине на посвящение. Начальник области вынужден был дать согласие, чтобы исключить всякие неожиданности, которые могли при этом произойти.
Находясь в Эчмиадзине, В.И. Бебутов неоднократно беседовал с патриархом и видел, что он ко всему подходит основательно. В.И. Бебутову стоило больших усилий, чтобы разубедить его в том, что якобы он последний патриарх, исходя из слухов, распространявшихся сторонниками Нерсеса, мечтавшего стать патриархом. Задержка князя Бебутова в Эчмиадзине была для него очень полезной и с точки зрения того, что он многое узнал о положении дел в Армянской церкви, интригах, которые плелись архиепископом Нерсесом, добивавшемся ухода патриарха в отставку с тем, чтобы занять его место.
Нерсес, вынудив патриарха отречься от сана, тут же разослал в места, где проживали армяне, сообщение об этом. Практически заполучив власть патриарха таким образом, он действовал по своему усмотрению, ни перед кем не отчитываясь. Он использовал угрозы, сильно действовавшие на армянское духовенство, которое вынуждено было раболепствовать перед ним, тем более что Нерсес упорно распространял слухи о том, что действия его согласованы с российским правительством. Он даже пошел на явную фальсификацию. Сообщение управляющего Министерством иностранных дел о том, что Нерсес назначен на Бессарабскую и Астраханскую епархии с оставлением в Грузинской, вчерне было прислано от самого Нерсеса с приказанием членам синода заставить патриарха подписать его и отправить, минуя Паскевича. Находясь в монастыре, князь Бебутов видел, что с удалением Нерсеса положение дел в Эчмиадзине стало понемногу выправляться. В рапорте Паскевичу он писал: «Не в похвалу себе докладываю ваше сиятельство, что я в короткое время приобрел доверенность патриарха и всего здешнего духовенства, и в последствии времени могу иметь большое влияние на дела Эчмиадзинского монастыря и, следовательно, быть полезным орудием для исполнения благих намерений ваших касательно управления Армянской церковью».
Патриарх Ефрем написал прошение об отречении от престола. Фельдмаршал Паскевич в предписании начальнику Армянской области Бебутову 26 января 1831 г. выразил благодарность за благоразумие при выполнении поручений в делах армянского духовенства. Тем, что происходило в среде армянского духовенства, интересовался даже император. Паскевич выразил уверенность, что он и в будущем будет действовать с тем же усердием, сообразуясь с обстановкой. Одновременно Паскевич уведомил В. Бебутова о высочайшей воле императора по случаю предстоящего избрания нового патриарха. Император, принимая во внимание уважительные причины, побудившие патриарха Ефрема к отречению, при встрече с Паскевичем подчеркнул, что избрание нового патриарха должно быть произведено по правилам, изложенным в инструкции, данной архиепископу Серафиму, который пользовался его особым доверием. Командующий отправил его в Эчмиадзин на выборы, чтобы исключить могущие возникнуть препятствия. Серафим повез с собой высочайшее повеление по избранию патриарха. Кроме того, ему было дано секретное поручение согласовать мнение патриарха и других епископов для обеспечения желаемого успеха в соответствии с «видами правительства».
Генерал Паскевич поручил Бебутову согласованно с Серафимом употребить все свое благоразумие и осторожность, какие он всегда проявлял, с тем чтобы наилучшим образом выполнить волю императора. Начало заседания духовенства было намечено на 15 марта. Начальнику области Бебутову было поручено находиться при его открытии «для сохранения порядка и успешного окончания дела». Так что время на подготовку к заседанию еще было.
15—16 марта 1831 г. состоялось собрание армянского духовенства с участием начальника области В. Бебутова, на котором кандидатами в патриархи были избраны архиепископы Мартирос и Тифлисский Иоаннес.
Вскоре Кавказ покинул фельдмаршал И.Ф. Паскевич, который был направлен в Польшу, вместо умершего от холеры фельдмаршала Дибича, командовать войсками, занимавшимися подавлением польского восстания. Вместо него управляющим в Грузии и командующим Отдельным Кавказским корпусом был назначен генерал барон Г.В. Розен. Это для Бебутова создавало определенные трудности, так как нужно было вновь устанавливать отношения с человеком, который не знал многих проблем Закавказья, населенного многочисленными народностями, его особенностей.
На основе Гюлистанского мирного договора с Персией, та не препятствовала переселению в Россию армян. В это время в Эриванскую область переселилось 8 тысяч армянских семей из Персии, которых нужно было принять, обустроить, помочь им закрепиться на новом месте.
Согласно воле императора, миропомазание Эчмиадзинского патриарха Иоаннеса состоялось 7 ноября 1831 г. в пятом часу пополудни. На нем, согласно предписанию управляющего на Кавказе барона Розена, присутствовали первенствующие лица Армянской области во главе с князем Бебутовым,