Приступив к исполнению своих обязанностей начальника области, В.И. Бебутов особое внимание уделил организации управления, подбору людей, которые бы в кратчайшие сроки могли наладить нормальную жизнь области. Он с первых же дней предъявил жесткую требовательность к членам правления за результаты работы. Прежде всего были приняты меры к тому, чтобы давать законный ход делам и скорейшему их окончанию, производившимся в полицейских местах, городских судах с последующей информацией об этом. Областное правление должно было усилить контроль и наладить строгий учет, особенно по уголовным делам. Но при этом начальник столкнулся с тем, что в области не имелось комплекта канцелярских чиновников и служителей, определенных по штату для Армянской области, особенно в областном правлении. Многие места оказывались вакантными. Поэтому новый начальник области очень внимательно рассмотрел положение с кадрами. Обо всем этом он уже 5 февраля докладывал фельдмаршалу Паскевичу, подчеркнув, что «все эти беспорядки допущены не от нерадения или недостатка деятельности бывших членов Армянского областного правления, а по причинам известным уже в. с. из донесений областного правления». Для предотвращения беспорядков «я принял надлежащие меры для производящихся дел давать законный ход и о скорейшем их окончании».
В то же время он понимал, что сделать это было чрезвычайно трудно. Он повел линию по укреплению армянских позиций на вверенной ему территории. Особое внимание было уделено реорганизации управления областью. В результате система управления была изменена, что расширило его полномочия и ликвидировало совещательные органы. 23 июня 1830 г. российское правительство приняло положение о структуре управления Армянской областью. Оно внесло в ее административно-территориальное деление изменения. Теперь область состояла из четырех округов – Иреванского, Шарурского, Сурмалинского и Сардарабадского, которые состояли из магалов (округов). Нахичеванская провинция и Ордубадский округ сохранили свое прежнее административно-территориальное деление.
Ему пришлось провести огромную организационную работу. Для этого потребовались кадры управленцев, которых на месте не было, и никто специально их не готовил. Ему пришлось спешно подбирать их из числа офицеров, а также чиновников, уже служивших на Кавказе и знавших его специфику. По хозяйственной части распоряжалось областное управление по сборам податей и повинностей. Частное управление Эриванской провинцией состояло из провинциального суда, четырех окружных начальников и городской полиции. Суд был учрежден по образцу уездных судов Российской империи. Окружным начальникам подчинялись распоряжавшиеся по магалам наибы. Кочующие народы управлялись двумя султанами. Эриванская провинция по судной части управлялась провинциальным судом, а по хозяйственной – городским казначеем. Исполнительная и полицейская власть находилась в руках наибов, при которых состояли приставы из русских чиновников.
Будучи человеком военным по всему своему внутреннему содержанию и имея опыт работы в гражданском управлении, князь Бебутов добивался дисциплины на всех уровнях сверху донизу. И вскоре это стало давать свои результаты.
Особое внимание он уделил Эриванскому городскому суду, председателем которого был полицмейстер, вторым членом – городской казначей. Он пришел к выводу, что они не могут успешно выполнять делопроизводство и указы областного правления, так как оба чиновника, обремененные своими прямыми должностными обязанностями, не в состоянии были должным образом наладить работу городского суда. Поэтому там и шло все замедленно, что сказывалось на положении дел в городе.
Исходя из этого, начальник области поставил перед Паскевичем вопрос о замене в Эриванском городском суде полицмейстера, городского казначея другими гражданскими чиновниками, способными и сведущими, из которых один должен быть судьею, а другой – заседателем. Кроме того, Бебутов считал, что председательствование полицмейстера в городском суде неудобно еще и потому, что он, производя следствие по гражданским и уголовным делам, направлял их в городской суд. А там он и оказывал основное влияние на решение дел. Хотя в суде заседали еще члены из горожан, но они не только не знали судебных порядков, но зачастую даже русского языка.
Постепенно на территории области водворялся общий порядок, вводились законы империи, сначала уголовные, а в 1836 г. и гражданские. Различие состояло только в устройстве ведомств судебной части. Дела гражданские рассматривались первоначально в провинциальном суде, который имел тот же состав, те же права и обязанности, какие присвоены судам уездным. Вторая степень суда сосредотачивалась в лице областного начальника. В.И. Бебутов показал себя умелым организатором, сумевшим в самый непродолжительный срок наладить мирную жизнь на разоренной земле. Он создал условия, чтобы земледельцы возвращались на землю, обрабатывали и получали урожаи, шло оживление торговли, принимались решительные меры по ликвидации разбойничьих отрядов, для чего, помимо военных, использовались добровольческие формирования из населения. На Армянскую землю пришел долгожданный мир.
С созданием Армянской области намечалось принятие геральдического герба. Но работа затянулась. Была проведена большая проработка истории существовавших гербов. Наконец 25 марта 1833 г. Правительствующий сенат утвердил герб Армянской области с изображением горы Арарат, древнейшей короны армянских царей, церкви Эчмиадзина и российского орла со щитом, а также императорской короны.
Российское правительство очень большое внимание уделяло армянской григорианской церкви как важному инструменту воспитания армянского населения. Духовный центр армян – Эчмиадзин – перешел под российский контроль в результате Русско-персидской войны 1826–1828 гг., которая завершилась заключением Туркманчайского мирного договора 10 февраля 1828 г. И хотя армянское духовенство встречало российские войска колокольным звоном и крестным ходом, между имперской администрацией и армянскими лидерами начали проявляться недоверие и подозрительность. Главноуправляющий в Грузии И.Ф. Паскевич в письме к генералу И.И. Дибичу от 3 марта 1828 г. отмечал, что опасается замыслов архиепископа Нерсеса: «На счет Нерсеса я нахожусь в большом затруднении, политика запрещает мне устранить его совершенно от дела; между тем ежели оставить его при сем влиянии, то монастырские притязания будут бесконечны…»
И.Ф. Паскевич опасался внешнеполитической самостоятельности армянского иерарха, стремления к расширению церковной собственности (на отвоеванных у Персии территориях), а также его «всегдашней наклонности к интригам». Российское начальство тревожилось, что своевольный и энергичный Нерсес сменит престарелого католикоса Ефрема I в качестве духовного лидера всей армянской общины. «Если это место (армянского католикоса) займет человек предприимчивый, склонный к интригам и упрямый, то при всех покушениях правительства к лучшему образованию духовного управления армянского, может он прибегнуть к армянам турецким и персидским и противопоставить их благим намерениям светского начальства», – отмечал Паскевич в письме к главноуправляющему духовными делами иностранных исповеданий России Д.Н. Блудову.
Поэтому фельдмаршал Паскевич предписал генералу Бебутову постоянно заниматься этим вопросом. После прибытия в область генерал Бебутов, как начальник области, стал заниматься духовными вопросами с первых дней начала работы в новой должности. 14 мая 1830 г. он прибыл в Эчмиадзин, не афишируя цель своего приезда, под видом