Советское правительство, видя патриотические устремления церкви, имея сведения о возросшей религиозности населения и стремясь использовать ее для поднятия морального духа народа, пошло ей навстречу. В сентябре 1943 г. состоялась встреча И. В. Сталина с митрополитами РПЦ, в результате которой было разрешено открытие храмов, монастырей, духовных учебных заведений, мастерских по производству церковной утвари и т. д. Были освобождены некоторые из находившихся в заключении священников и архиереев. Церковь получила разрешение на избрание патриарха, и в сентябре 1943 г. прошел Архиерейский собор, избравший патриаршего местоблюстителя Сергия Патриархом Московским и всея Руси. Был также избран Священный синод Русской православной церкви. Таким образом, РПЦ обрела свое нынешнее название и была официально признана Советским государством.
В годы Великой Отечественной войны произошло некоторое улучшение положения российских мусульман. В частности, им было разрешено вновь открыть некоторые мечети, закрытые в конце 1920-х – 1930-е гг. В военный период почувствовали некоторое улучшение своего положения и буддисты Бурятии. А уже после войны, в 1946 г., им позволили восстановить два монастыря. Была также возобновлена деятельность Центрального духовного управления буддистов СССР, которое теперь размещалось в Бурятии. Калмыцкая же сангха после депортации калмыков в 1943 г. прекратила свое существование. К концу 1940-х гг. в Туве также не осталось ни одного буддийского храма или монастыря.
Религиозная политика в период «оттепели» и перестройки
С приходом к власти Н. С. Хрущева государственная политика по отношению к религиозным организациям вновь ужесточилась, и определенное потепление в государственно-церковных отношениях сменилось новым наступлением на религию. Оно включало усиленную атеистическую пропаганду, дискредитацию духовенства и другие антирелигиозные действия. В этот период произошло массовое закрытие церквей, монастырей и семинарий Русской православной церкви. До ближайшего храма верующим нередко надо было ехать несколько часов, а то и несколько дней, во многих районах не осталось ни одной действующей церкви. Церквей, естественно, не было и в новых, построенных уже при советской власти, городах.
В брежневский период массовых закрытий церквей не производилось, но урон предыдущих лет восполнен не был, более того, к нему добавились новые потери. В частности, процедура открытия нового храма стала бюрократически более сложной. Во время антирелигиозной кампании 1960-х гг. были также опять закрыты многие из открытых в годы войны мечетей и синагог. В начале 1970-х гг. среди верующих евреев Советского Союза развернулось движение, требовавшее от советских властей разрешения для евреев на выезд в Израиль. Первоначальным ответом на это требование было усиление репрессий по отношению к иудаистам. Однако под нажимом международных организаций и правительств западных государств евреям стали позволять эмигрировать из Советского Союза.
Положение начало улучшаться лишь во второй половине 1980-х гг., в ходе реформ М. С. Горбачева. В конце апреля 1988 г. состоялась его встреча с Патриархом Московским и всея Руси Пименом и постоянными членами Священного Синода, на которой обсуждались вопросы, связанные с обеспечением нормальной деятельности Русской православной церкви. В июне 1988 г. на государственном уровне было отпраздновано тысячелетие крещения Руси. По существу, это было изменение советской политики по отношению к религии. Церкви стали повсеместно возвращать отнятые у нее ранее и разоренные храмы. Ее деятельность стала постепенно выходить за богослужебные рамки: делались первые шаги на ниве благотворительности, создавались первые воскресные школы.
В 1991 г. государство объявило Рождество Христово выходным днем, т. е. праздник стал официально признанным. При М. С. Горбачеве, особенно после его встречи на Мальте в 1989 г. с папой римским Иоанном Павлом II, началось восстановление католических приходов. Были установлены дипломатические отношения между СССР и Ватиканом. С конца 1980-х гг. стали строить новые мечети и открывать медресе, верующие получили возможность совершать хадж. В 1989 г. в Татарстане и Башкортостане торжественно отпраздновали 1100-ю годовщину принятия ислама в Волжской Булгарии и 200-ю годовщину основания Мусульманского духовного собрания. В конце 1980-х гг. происходила также активизация буддийской религиозной жизни в Бурятии и ее официальное возрождение в Калмыкии и Туве. В период перестройки еще более усилилась еврейская эмиграция. Однако особенностью этого периода стала возвратная миграция, что позволило иудаистам Советского Союза совершать поездки в Израиль, посещать религиозные центры и поклоняться религиозным святыням. Все это способствовало усилению религиозности традиционно иудаистского населения. В 1990 г. был также создан Всесоюзный совет иудейских религиозных общин.
Подводя итог всего советского периода, следует отметить, что положение религии коренным образом изменилось. Религию стремились вытеснить не только из общественной сферы, но и из частной жизни. В принципе ей не отводилось места в социалистическом обществе, она рассматривалась как чуждая идеология и вредный пережиток. Но коль скоро этот «пережиток» все-таки сохранялся, государство стремилось поставить религию под свой контроль, убрать из жизни религиозную практику и обрядность, с тем чтобы стерлась религиозная идентичность, особенно в ее привязке к общенациональной и этнической идентичности. Религиозные отличия разных групп населения игнорировались. Однако политика полного искоренения религии провалилась, поскольку религиозная практика была частью культурной традиции. Тем не менее хотя религиозность в советский период сохранялась, но в результате антирелигиозной политики изменился ее характер.
К концу советского периода у большинства людей был опыт антирелигиозной социализации, а религиозного образования не было никакого. Религиозность часто была латентной. Она не опиралась на знание религиозной догматики и обрядности, а брала свои истоки из традиционной культуры и исторической памяти. Эта скрытая религиозность, тем не менее способствовала религиозному возрождению конца 1980-х – начала 1990-х гг. Одновременно недостаточность религиозных знаний и опыта делала религиозную структуру подвижной: новообращенные переходили из одной деноминации в другую, не представляя себе различия между ними (религиозная структура стабилизировалась позднее).
Религиозное возрождение России
В 1990-х гг. религия постепенно восстанавливала свои позиции в обществе. Религиозная мысль, практика и институты приобретали социальную значимость. Люди в массе своей радовались восстановлению церквей и монастырей, возрождению религиозных праздников и традиций. Значительная часть населения одобряла передачу религиозным организациям исторически им принадлежавшей собственности. Типичное для тех лет разочарование, вызванное неспособностью государственного руководства разрешить многочисленные острые социальные проблемы, порождало надежду на негосударственные институты. Наибольшее доверие из них вызывали религиозные организации, как исторически существовавшие, так и недавно появившиеся. Самой большой популярностью у населения пользовалась Русская православная церковь, уступая первое место по уровню доверия населения Президенту и армии.