Очень много В.И. Бебутову пришлось заниматься Мингрелией. И здесь он как бы возвратился на три десятка лет назад, когда управлял областью. Тем более что к нему неоднократно обращалась с письмами княгиня Дадиани, правительница Мингрелии. В докладе Н.Н. Муравьеву от 7 декабря В.И. Бебутов писал, что по прибытии в Кутаис он получил от Е.А. Дадиани два официальных письма и одно частное. При втором письме она прислала подлинные письма французского и английского агентов, состоящих при Омер-паше, которые были написаны до того, как турецкий корпус наступал в Цхенис-цкали, и теперь уже не имели никакой практической важности. Но они характеризовали политику Франции и Англии по отношению к России. Что касается писем княгини, Бебутов пришел к выводу, что между правительницей Мингрелии, генерал-майором Дадиани и князем Мухранским «происходят неудовольствия», причину которых он не может окончательно определить до свидания с княгиней и пока не узнает причину этого.
Генерал Бебутов для изучения обстановки в Гурии посетил ее в декабре 1855 г. Там он увидел, что в результате военных действий население приграничных с Турцией селений впало в крайнюю бедность. Были разорены имения, сожжены дома. Крестьяне, потеряв имущество, не могли обрабатывать поля, сады и должны были искать приют в разных местах. Он пришел к выводу о необходимости оказать помощь наиболее пострадавшим. По его приказанию были составлены списки особенно пострадавших. Получив сведения от озургетского уездного начальника о наиболее нуждающихся в помощи 15 семействах князей, 31 семействе дворян и священников, 287 крестьян, генерал Бебутов ходатайствовал назначить им единовременное пособие в размере 32 660 рублей серебром.
Так что, помимо дел по гражданскому управлению, генералу Бебутову постоянно приходилось уделять внимание военным делам на второстепенных театрах военных действий, что требовало значительной затраты времени, увеличивая на него нагрузку.
Н.Н. Муравьев, всецело доверяя В.И. Бебутову, старался по возможности как можно чаще информировать его по многим вопросам, в том числе и военного характера. При этом, появляясь в Тифлисе, он стремился к общению с ним, и если Бебутова не было в городе, то он по этому поводу сокрушался. Между наместником, главнокомандующим генералом Н.Н. Муравьевым и управляющим гражданской частью сложились деловые отношения. Муравьев очень высоко ценил Бебутова как знатока местных условий, народов. Он ему всецело доверял. В одном из своих писем в декабре 1855 г. он писал из Тифлиса: «Приехал я сюда 7 декабря, и как ни приятно было бы для меня видеться с вами, но, признаться, порадовался тому, что вы в Имеретии: лучше вас никто не знает тамошних дел; лучше вас никто не успокоит край и не погасит личных междоусобий, возродившихся после попытки, сделанной Омер-пашею. Всякое решение с моей стороны до точного узнания дела могло бы быть неуместным, но с правом, вам предоставленным, вы, будучи на месте, можете, хотя сколько-нибудь, восстановить порядок».
Сам главнокомандующий Кавказским Отдельным корпусом в мае 1855 г., выехав в войска, расположенные в районе крепости Карс, постоянно находясь там, периодически информировал Бебутова о положении дел, одновременно давая указания о решении тех или иных вопросов, требуя отчетов о выполнении поручений, о положенни дел в военной сфере в других частях наместничества.
Генерал Муравьев, проводя в корпусе линию, определенную императором, по всемерной экономии средств, поручил В.И. Бебутову следить за ходом этой работы в целом по наместничеству и постоянно информировать его о том, что делается в этом направлении. Так, одним из направлений экономии по указанию Муравьева было сокращение издержек на порции вина в госпиталях. По его указанию была произведена замена кахетинского вина на местное. Это давало значительную экономию. К примеру, при стоимости ведра кахетинского вина 4 рубля при переходе на местное саджевахское стоимостью 1 рубль 78 копеек получалась значительная экономия. Только по Кутаисскому госпиталю она составила 12 151 рубль в год.
Было дано указание на дешевую покупку фуражного ячменя для действующего корпуса за границей по сравнению с ценами, определенными по смете, с тем чтобы оказать вспомоществование солдатским артелям 13-й и 18-й дивизий. Еще в 1812 г. из экономического капитала Военного министерства по указанию императора Александра I для Кавказского корпуса было выделено 41 158 рублей серебром из расчета по одному фунту мяса в течение 37 недель тем частям войск, которые не получали никакого порционного довольствия. В результате было сэкономлено 19 084 рубля.
Поскольку речь шла о существовавшей помощи солдатским артелям только 13-й и 18-й дивизий, Бебутов предлагал Муравьеву ходатайствовать о распространении такого пособия на все войска Кавказского корпуса и резервной дивизии и на казачьи батареи.
Тем временем крепость Карс, будучи блокированной русскими войсками, оказалась в очень сложном положении. Находившийся там английский генерал Вильямс занимал господствующее положение. Даже переговоры о сдаче крепости с генералом Муравьевым вел он, а не турецкий главнокомандующий Васиф-паша. 13 ноября 1855 г. Муравьев писал Бебутову о том, что у него обедал англичанин Вильямс как уполномоченный мушира Васиф-паши, от имени которого он подписал условия сдачи Карса. Одновременно командующий советовался о том, как поступить с 11 тысячами турецких военнопленных, направляемых в Россию. Он предлагал рассмотреть два пути: через Баку и через Тифлис и дальше через горные перевалы Кавказского хребта.
В своем ответе Н.Н. Муравьеву генерал Бебутов считал нецелесообразным направлять военнопленных через Баку, так как перевоз их морем до Астрахани потребовал бы много времени при ограниченности количества судов. Кроме того, для зимовки в Баку не было соответствующих помещений. Размещение пленных турок в деревнях среди мусульманского населения потребовало бы значительного количества войск, чтобы их караулить. Поэтому Бебутов предлагал отправить их через Тифлис, затем через горы в город Ставрополь и дальше по