После приезда в Тифлис нового главнокомандующего Отдельным Кавказским корпусом и наместника на Кавказе Н.Н. Муравьева генерал Бебутов возвратился на свое место в гражданском управлении.
Но поскольку Н.Н. Муравьев всецело доверял В.И. Бебутову, знал его работоспособность и возможности, то помимо управления гражданской частью наместничества вверил ему командование всеми войсками на Кавказе, не вошедшими в состав действующего корпуса – на Кавказской линии, в Черномории, Гурии, Абхазии, Мингрелии. Это означало на практике, что на его плечи практически полностью легло управление наместничеством за исключением дел на турецкой границе. Это требовало огромного напряжения сил и здоровья. А тем временем силы не прибавлялись, а уже убывали. Времени на отдых оставалось все меньше. Сказывалось и то, что В.И. Бебутов был человеком ответственным, исполнительным и болевшим за порученное дело. Он заботился прежде всего о других, а не о себе.
Н.Н. Муравьев по случаю своего отсутствия в Тифлисе 16 мая 1855 г. на время командования действующим корпусом возложил управление гражданской частью на Кавказе и за Кавказом, вверил начальнику гражданского управления Закавказского края генерал-лейтенанту князю Бебутову. Всецело доверяя ему и полагаясь на него, Н.Н. Муравьев по возвращении в Тифлис 7 декабря 1855 г. 13 декабря отдал приказ, которым счел необходимым оставить управление гражданской частью на Кавказе и за Кавказом за генералом Бебутовым до особого решения.
Поскольку наместник практически постоянно находился в действующем корпусе, то князю Бебутову пришлось сосредоточиться на текущих делах наместничества. Из одного года и 7 месяцев пребывания на Кавказе Н.Н. Муравьев в Тифлисе был всего 5 месяцев 20 дней, под Карсом 6 месяцев 20 дней и в разъездах находился 6 месяцев 29 дней. Его гражданская деятельность не была в это время особенно активной, как по краткости времени пребывания на посту, так и по военным обстоятельствам. Естественно, что он занимался многими вопросами жизни наместничества, заботясь о том, чтобы они решались как можно лучше. Но для того, чтобы лучше понять подход к решению того или иного вопроса, связанного с местной спецификой, он часто требовал для себя обстоятельные исторические справки, касающиеся прошлого. В этой ситуации его всецело устраивал крупный специалист по гражданской части управления, знаток Кавказа, каким был В.И. Бебутов, которому он всецело доверил гражданское управление краем. Как военному специалисту он доверил ему и все вооруженные силы Кавказа. за исключением действующего корпуса. В то же время он давал ему массу поручений с непременными докладами о том, что было сделано или как решен тот или иной вопрос.
В.И. Бебутов, будучи человеком ответственным, старался скрупулезно выполнить все обязанности, которые были на него возложены, что было нелегко для человека, которому уже перевалило за шестьдесят лет. А дел срочных, долгосрочных было немало, в том числе военные вопросы. Много времени забирала работа непосредственно с документами, аппаратом управления наместничеством. В.И. Бебутову приходилось выполнять массу различных поручений наместника. Так получилось, что в своей практической деятельности Василий Иосифович значительную часть времени занимался гражданским управлением: управлял Мингрелией, Ахалцихом, Армянской областью, работал в гражданском управлении на Кавказе и в то же время приходилось заниматься военными делами.
Так, в это время в Имеретии действовал турецкий корпус Омер-паши, который стремился к тому, чтобы отколоть ее от России и развить свое наступление в Закавказье. Генерал Бебутов по поручению Муравьева выехал в Имеретию, поскольку там сложилась очень сложная обстановка, вызванная несогласованностью действий местных князей в ситуации, когда в Грузию прорывался доставленный по Черному морю и высаженный на кавказский берег турецкий корпус Омер-паши для оказания помощи осажденному Карсу. Поэтому, чтобы разобраться с положением дел, князь Бебутов и выехал туда. На поверку оказалось, что обстановка там значительно сложнее, чем представлялась в Тифлисе.
Разобравшись в ситуации, генерал Бебутов посчитал необходимым обратиться с воззванием к гурийцам, имеретинам и мингрельцам 1 ноября 1855 г.: «Сиятельные князья и благородные дворяне! Вы знаете, что великие земли служат основою жизни общественной и всегда предшествуют малым в народных испытаниях. Испытание предстоит краю вашему, где вера Христова водворена со времен Апостольских и где о верность вашу к царям всегда сокрушались силы вражьи. Не скрыта уже причина, по которой враг восстал против Государя нашего, единого православного Царя на земле, позавидовал могуществу Его; позавидовал, что Он, по завету Спасителя, человеколюбивый, потребовал обитающим в Турции христианам облегчения в страданиях и муках. Три государства, именующие себя христианскими, заключили союз с врагом Христовым и, под знаменем Магомета, вознамеревались сокрушить могущество России, чтобы тем самым сокрушить над нами покров ее, под сенью которого покоимся поныне. Благословенную землю нашу поругал ныне Татарин, ступив на нее, и грозит разрушить закон, непоколебимо вами соблюдаемый в течении тысячи восьмисот лет, грозит ниспровергнуть все, что лежит в основании вашему благоденствию и церкви, где успокаивается прах доблестных предков ваших, и домы, где охраняются жены и дети ваши и собственность ваша, и достоинство, коим отличаются высшие от низших и которое принадлежит вам издревле, как ваше преимущество. Не вспомнил враг, что вы постоянно обращаетесь в молитвах ваших ко Всевышнему со словами „сердце чисто, созижди во мне, Боже, и дух прав обнови во утробе моей!“; не вспомнил уже он, что вера ваша омыта кровью и благоденствие ваше лежит на деснице вашей, никогда не утомляющейся в делах верности. Правительство наше убеждено, что нет ни одного между вами, кто бы умел отличить коварства от истины и уклониться от сетей вражеских. Много раз проливали вы кровь свою на верности Государю и на службе Ему, когда испытание не было к вам близко. Теперь враг перед вами, он перешел уже границу вашу и вашим разорением, вашим истреблением, сокрушением вашей веры и благосостояния намерен уязвить сердце Государю. Вот оно, неисповедимым Промыслом Божьим для испытания вашего ниспосланное, – когда предстоит вам смыть оскверненную стопами неприятельскими землю вашу, благословенную Андреем Первозванным и освященную мучениками Аргветскими; когда предстоит вам уберечь от поругания покоящиеся в церквах кости предков ваших; сохранить за собою ненарушимо личное достоинство ваше и предохранить от покушений и оскорблений жен своих, детей и имущество, чтобы тем ознаменовать