Первая лютеранская община была образована в Москве в 1559 г. Пятьюдесятью годами позже лютеранская община появилась в Нижнем Новгороде. На земли Ингрии (южное побережье Финского залива и часть Карельского перешейка) лютеранство было принесено в XVII в., когда эта территория отошла к Швеции, и сохранилось там после возвращения Петром I этих земель России. При Петре I число лютеран в России заметно выросло и за счет приглашенных им немецких специалистов. Новый приток произошел при Екатерине II, когда в Россию переселилось значительное число немецких крестьян-лютеран. Во второй половине XVIII в. в России по приглашению Екатерины II поселились и меннониты, получив здесь значительные льготы, включая освобождение от военной службы. После же принятия в 1874 г. в Российской империи закона о всеобщей воинской повинности большое число меннонитов эмигрировали в США. Баптисты появились в России в середине XIX в. Первоначально баптизм распространился среди части немцев, однако вскоре баптисты появились и среди представителей других народов. Адвентизм стал распространяться в России с 1883 г. Подавляющее большинство адвентистов в России составляют адвентисты седьмого дня.
Мусульмане появились на землях, которые позже стали частью России, в VII в. в результате арабского завоевания Дагестана. И хотя арабам не удалось надолго закрепиться на этой территории, началась исламизация региона, растянувшаяся на несколько столетий. Распространение ислама в Дагестане возобновилось в Х-XIII вв., когда в эту религию перешли многие этнические группы Южного Дагестана, а вслед за ними – в XIV в. – аварцы, крупнейший дагестанский народ. В XV и XVI вв. ислам проник на территорию Чечни, а к XVII в. – в западные районы Северного Кавказа. Характерным для Северного Кавказа было переплетение ислама с местными доисламскими верованиями. Более стремительным было укоренение ислама в Поволжье. В 922 г. ислам стал государственной религией Волжской Булгарии. И даже после разгрома Волжской Булгарии монголами ее города оставались мусульманскими религиозными и культурными центрами в этом регионе.
Сами правители Золотой Орды придерживались шаманизма, но терпимо относились к различным религиям, и поэтому ислам постепенно распространялся во владениях ордынских ханов. Уже при хане Узбеке, в XIV в., ислам стал государственной религией Золотой Орды. После ее распада в XV в. местным центром ислама стало Казанское ханство, просуществовавшее как самостоятельное государство до 1552 г., когда оно было покорено войсками Ивана Грозного. В 1556 г. в состав Российского государства было инкорпорировано и Астраханское ханство, где также преобладал ислам. После присоединения Поволжья к России там были предприняты попытки христианизации мусульманского населения с целью его политической и культурной интеграции в Российское государство. Мусульманам было запрещено возводить новые мечети, а старые могли быть сохранены лишь там, где не было христианского населения. Бывшие мусульмане, перешедшие в православие, наоборот, получали различные привилегии и легче продвигались по государственной службе. Вместе с тем по отношению к мусульманам проявлялась большая терпимость.
Положение российских мусульман улучшилось при Екатерине II. Одним из элементов ее религиозной политики стало введение веротерпимости, что было направлено на достижение большего социального спокойствия в стране. В рамках этой политики в 1773 г. Екатерина II издала указ «О терпимости всех вероисповеданий…», в соответствии с которым ислам стал религией, официально признанной в Российской империи. В 1783 г., после присоединения к России еще одного мусульманского региона – Крымского ханства, Екатерина II специальным манифестом подтвердила право российских мусульман исповедовать свою веру. Мусульманские священнослужители были выделены в особое духовное сословие. А в 1784 г. татарская и башкирская знать получила права российского дворянства. В 1788 г. было создано Магометанское духовное собрание с местопребыванием в Уфе. Ему подчинились мусульманские общины страны, за исключением расположенных в Крыму. Введенные Екатериной II принципы определяли положение мусульман до 1917 г.
Мечеть Куль Шариф в Казани
Весьма давнюю историю в России имеет и буддизм. В стране имеется три традиционно буддийских региона: Бурятия, Калмыкия и Тува. Здесь исповедуют буддизм направления ваджраяна (которое называют также ламаизмом), школы гелуг. Формирование буддийской сангхи (общины буддийских монахов) и распространение буддизма в Забайкалье и Калмыкии исторически было тесно связано с политикой Российского государства. Буддизм в России считался официально признанной религией. Одновременно государство старалось воспрепятствовать слишком тесным связям буддистов Бурятии и Калмыкии с Тибетом и Монголией и поэтому способствовало созданию бурятской и калмыцкой сангх.
Включение в состав Российской империи заселенной бурятами территории Забайкалья и массовое обращение бурят из шаманизма в буддизм происходили в XVII в. А в 1741 г. императрица Елизавета подписала указ, регулировавший религиозную жизнь бурятских буддистов. По этому указу буддийские ламы получили статус особого сословия. Таким образом, буддизм становился признанной религией Российской империи. Обращение в православие при этом всячески поощрялось. Принявшие православие, например, на несколько лет освобождались от уплаты налогов. Тем не менее число лам в Забайкалье быстро росло, и буддизм распространялся на соседние территории.
Буддийская сангха Калмыкии формировалась в XVII в., и связано это было с миграцией предков калмыков на территорию России из северо-западной Монголии и Джунгарии (северо-запад Китая). В 1660–1670-е гг. было образовано Калмыцкое ханство – государственное образование внутри России. Как само ханство, так и калмыцкая буддийская сангха пользовались значительной автономией. Калмыцкие ханы назначались далай-ламой. В XVIII в. российское правительство стремилось ограничить автономию ханства и обратить калмыков в православие. Новообращенные получали различные привилегии. По указу 1744 г. калмыки были превращены в крепостных крестьян. Это привело к массовому исходу калмыков. Большинство из них в 1771 г. покинули волжские степи и намеревались вернуться в Джунгарию (добраться до исторической родины удалось лишь меньшей части калмыков, остальные погибли в пути). В том же 1771 г. ханство потеряло свою автономию и было приравнено к российским губерниям. Однако, несмотря на все изменения, буддизм в Калмыкии остался религией, признанной Российским государством. Буддисты Бурятии и Калмыкии, как и другие религиозные меньшинства, получили большую религиозную свободу после принятия в 1905 г. указа «Об укреплении основ веротерпимости». Проникновение буддизма на территорию Тувы началось в XIII в., и местные буддисты входили в монгольскую буддийскую сангху.
Последователи иудаизма жили на территории, впоследствии вошедшей в состав России, еще в I в. н. э. Они были частью населения греческих колоний на побережье Черного моря. В VIII-Х вв. иудаизм имел статус официальной религии в Хазарском каганате. Иудейские общины существовали и в Киеве в период Древнерусского государства. Увеличение численности последователей иудаизма в Российском государстве произошло в конце