При всей своей занятости В.И. Бебутов вел и большую общественную работу. Он был вице-президентом Кавказского общества сельского хозяйства и председательствующим в местном отделе Русского географического общества.
Больше всего В.И. Бебутова радовали письма А.П. Ермолова, которому в 1857 г. перевалило за 80 лет. Почтенный возраст все острее давал о себе знать. Василий Иосифович не жаловался ему на свои недуги, давая понять, что чувствует себя хорошо. В декабре 1857 г. В.И. Бебутов получил последнее письмо от А.П. Ермолова, написанное им 24 ноября: «Часто имею об вас, почтенный князь Василий Осипович, известия, расспрашивая проезжающих и живущих здесь, имеющих сношения. Сам давно не писал, не находя приятным уведомление о болезни старика, переступившего уже на половину 80 года. Ноги мои в явном неповиновении, но осталось еще нечто похожее на человека. Простой мужик возвратил зрение глазу, пораженному в нерв ударом, силою удивительного магнетизма. Предо мною была стена, обтянутая черным, и тусклый свет оскорблял больной глаз, теперь не без затруднения, но вот сколько написать мог. Прощайте, любезный князь; будьте здоровы, и желаю вам всего наилучшего. Искренне уважающий Ермолов. Р. S. С 1 января подпишитесь именем моим на журнал „Кавказ“». Просьбу старика Василий Осипович, естественно, выполнил, традиционно подписывая его на газету «Кавказ». Но это письмо добавило ему грусти. Вот и Алексей Петрович чувствовал себя неважно, а казалось, ему и сносу не будет.
Время приближалось к семидесяти годам. Бебутов был на высоте своего положения. В наместничестве он, по существу, был вторым человеком. С наместником А.И. Барятинским у него с давних пор сложились самые хорошие отношения. Тот ему во всем доверял и поддерживал. Император также относился к нему весьма благосклонно. Учитывая его прежние военные заслуги, император присвоил ему воинское звание генерала от инфантерии, назначил членом Государственного совета. Но Василий Иосифович во второй половине 1857 г. стал чувствовать себя все хуже. Он сдавал на глазах, хотя и старался держаться все так же подтянуто, был, как всегда, любезен со всеми. Но это давалось ему все труднее, требовало больших физических и волевых усилий. Окружающие видели страдания князя и всячески старались облегчить их. При этом использовались все средства: достижения медицины, знахарей, целителей.
Наместник князь Барятинский, зная об истинной болезни В.И. Бебутова, всячески старался облегчить его положение, не только служебное, материальное, но и моральное. Многие вопросы он поручал решать другим, чтобы уменьшить нагрузку на князя, делал представления императору о его поощрениях, и тот шел навстречу.
Князь Барятинский видел мучения князя Бебутова. Он долго отодвигал решать о нем вопрос, хотя тот неоднократно заговаривал об отставке. Понимая внутреннее состояние В.И. Бебутова, наместник хотел решить вопрос таким образом, чтобы морально и материально поддержать его. Несомненно, об этом у него был предварительный разговор с императором во время одной из последних личных встреч. Наконец, 26 января 1858 г. он направил отношение председателю Кавказского комитета относительно председателя Главного совета управления Закавказским краем и начальника гражданского управления генерала от инфантерии князя Бебутова, «болезненное состояние которого, а равно и преклонные лета лишают его возможности исполнять далее важные обязанности, на нем лежащие, и вместе с тем указывают совершенную необходимость, с одной стороны, представить Монаршему милосердию и обеспечение остатка дней его, снять с него эти обязанности, а с другой – заменить его лицом вполне соответствующим той высокой степени, которую оно должно занимать в составе управления краем. Принимая во внимание продолжительную и полезную службу кн. Бебутова, как на гражданском, так и военном поприще, а равно и то высокое положение по чину и наградам, которое он службою приобрел, я нахожу нужным представить Всемилостейшему вниманию о сохранении этому заслуженному генералу, при увольнении его от настоящих обязанностей, того содержания (10 000 р[ублей] с[еребром]), какое он ныне получает, что при его преклонных летах и состоянии здоровья не составит для Государственного Казначейства большого ущерба, и вместе с тем, о предоставлении ему, согласно многим примерам относительно высших заслуженных лиц, звания члена Государственного Совета, с дозволением оставаться в настоящем месте жительства».
В ответе князю Барятинскому председатель Кавказского комитета сообщил о том, что император удовлетворил все его просьбы, о чем просил сообщить князю Бебутову.
Император Александр II, с большим уважением относившийся к князю Бебутову еще со времени, когда наследником посетил Кавказ, писал А.И. Барятинскому: «Очень искренне сожалею, что расшатанное здоровье кн. Бебутова мешает ему продолжать выполнять важные функции, которые были ему поручены. По Вашему желанию, я только что назначил его членом совета (Государственного) с разрешением остаться в Тифлисе и сохранением всего жалованья. Надеюсь, что он увидит в этом новое доказательство того, что я ценю его долгую и полезную службу. Поручаю Вам поблагодарить его от моего лица».
Получив данное письмо, А.И. Барятинский немедленно лично сообщил об этом Василию Иосифовичу. Конечно, такая милость императора была приятна князю Бебутову и его близким. 6 января 1858 г. вместо князя Бебутова председателем совета наместничества был назначен генерал-майор Г.Д. Орбелиани.
В.И. Бебутов достиг всего, что можно было получить в его положении. Он был награжден всеми российскими и иностранными наградами, занимал высокие должности, был уважаемым человеком не только по чину, а главное – по своей человеческой сути. Но для многих, да, пожалуй, и для самого Василия Иосифовича, так и осталось загадкой: почему он, награжденный высшей российской наградой, орденом Святого Андрея Первозванного, в чине генерал-лейтенанта, так и не был зачислен в свиту императора, хотя этого удостоивалось немало людей, имевших гораздо меньшие заслуги перед престолом и государством.
Но уже ничто не могло помочь. Жизнь неумолимо, мучительно уходила из Василия Иосифовича Бебутова. 10 марта 1858 г. он скончался от тяжелой болезни – рака желудка.
Тело покойного было выставлено в течение всей недели в занимаемой князем квартире, что располагалась в Куках. Ежедневно она посещалась духовенством Армянской церкви, родственниками, знакомыми и народом, желавшими искренне, а не по принуждению отдать этот последний поклон, как долг заслуженному воину и человеку, так много сделавшему для людей и государства. Проститься с покойным приходили не только жители Тифлиса, но и приезжали издалека. Это были не только армяне. Немало их было из Армении и других мест. Народ шел нескончаемым потоком с утра до позднего вечера в течение недели. Люди искренне оплакивали покойного.
16 марта в воскресенье город Тифлис был свидетелем грустного и торжественного обряда: