Генералу Бебутову было приказано подготовить отряд к боевым действиям. Имелось также в виду по возможности привлечь к операции и другие войска, а главное – не дать Шамилю возможности сконцентрировать в этом районе значительные силы. Дагестанский отряд под командованием генерал-лейтенанта Бебутова в составе пяти батальонов пехоты, одной сотни донских казаков, шести сотен конной и пешей милиции 6 мая выступил из Темир-Хан-Шуры и Дженгутая в сторону Гергебиля. Через четыре дня отряд подошел к аулу и 10 мая расположился на высотах напротив Гергебиля. Генерал Бебутов в тот же день произвел рекогносцировку неприятельских позиций.
По всему было видно, что Гергебиль представлял собой серьезное укрепление, поэтому ему уделялось повышенное внимание. Он со всех сторон был окружен толстою стеною высотой в две сажени. На ней были расположены несколько башен, предназначавшихся для фланговой обороны. По сведениям разведки и лазутчиков, в ауле был сильный гарнизон, который располагал двумя орудиями. Получив такие сведения, генерал Бебутов решил расположиться в Ходжал-Махи в 15 верстах от Гергебиля, где подождать прибытия главнокомандующего М.С. Воронцова, который должен был подойти с отрядом. Имеющееся в его распоряжении время он использовал для подготовки отряда для взятия аула. Одновременно велись большие работы по укреплению лагеря, устройству дороги.
Серьезное беспокойство и опасения у генерала Бебутова вызывало то, что с наступлением тепла между реками Самуром и Сулаком вновь стала распространяться холера, появившаяся еще осенью минувшего года и значительно спавшая во время январских холодов. Несмотря на принимаемые меры предосторожности, холера появилась и в лагере, что угрожало срыву намеченной экспедиции и взятию Гергебиля.
После прибытия 25 мая к отряду главнокомандующего М.С. Воронцова началась ускоренная подготовка к штурму Гергебиля, поскольку стало известно, что Шамиль дал приказ наибам собрать отряды и идти на помощь гарнизону аула. Хотя сил под Гергебилем было явно недостаточно для его взятия, генерал Воронцов не решался придвинуть сюда Самурский отряд, так как не до конца была ясна позиция Даниель-бека в районе Кумуха.
1 июня 1847 г. началось выдвижение войск к Гергебилю, которое продолжалось весь следующий день. Подполковник Кесслер по приказу М.С. Воронцова приступил к устройству батареи, которая предназначалась для нанесения мощного артиллерийского удара по укреплениям противника, с тем, чтобы самым вызвать в ауле пожары, проделать бреши в стенах для прорыва через них русских войск. Одновременно было видно, как шло накопление сил горцев на гребнях гор. Ситуация складывалась таким образом, что русские войска могли оказаться под двойным ударом с фронта из крепости и с тыла, с гребней гор. Это могло значительно осложнить обстановку. Поэтому нужно было торопиться с взятием аула.
3 июня началась интенсивная бомбардировка Гергебиля. Когда в конце месяца наконец стало известно о том, что Даниель-бек изгнан из Джаро-Белоканской области, главнокомандующий дал приказ Самурскому отряду двинуться на север. Одна его часть должна была направиться для прикрытия связи с Темир-Хан-Шурой, другая направлялась в Ходжал-Махи. Дагестанский отряд расположился на виду у противника.
Тем временем батарея начала усиленную артиллерийскую стрельбу по аулу и к вечеру сделала брешь в стене для прохода штурмующих. После этого Воронцов наметил штурм аула на следующий день. С этой целью были созданы две колонны. Первая колонна под командованием командира Апшеронского полка полковника Орбелиани должна была идти на приступ через брешь. Второй колонне под командованием командира Дагестанского пехотного полка полковника Евдокимова поручалось двигаться в обход укрепления с западной стороны, чтобы отвлечь силы гарнизона и не дать возможности перебросить их в место штурма.
Атака на гарнизон началась в шесть часов утра. Колонна полковника Евдокимова в составе шести рот Дагестанского пехотного полка, дивизиона драгун, пешей и конной милиции, состоящей при Дагестанском отряде, с горным орудием и крепостным ружьем выступила из лагеря и, пройдя через сады, заняла прилегающие к аулу террасы. В это время первая колонна через брешь ворвалась в аул, где встретила ожесточенное сопротивление защитников. Боевые действия сторон проходили в ожесточенной манере. Никто не хотел уступать. В этих условиях Бебутов проделал большую работу по снабжению войск всем необходимым, что было отмечено генералом Воронцовым:
«Высочайшая грамота. Командующему войсками в Северном Дагестане, Нашему генерал-лейтенанту, князю Бебутову.
Главнокомандующий Отдельным Кавказским корпусом свидетельствует перед Нами о примерной попечительности вашей по всем частям вверенного вам управления и об особой пользе, оказанной распоряжениями вашими по снабжению Самурского отряда боевыми потребностями. В изъявление Нашего Монаршего к вам благоволения за столь полезную и отлично-усердную службу вашу и за новые опыты примерного мужества, которые вы явили в последних делах под Гергебилем, Всемилостивейше жалуем вас кавалером Императорского и Царского ордена Белого Орла, знаки которого при сем препровождаем, императорскою Нашею Милостию к вам благосклонны.
Царское Село, 12 октября 1847 г. На подлинном Собственною Рукою Его Императорского Величества начертано: Николай».
Наместник на Кавказе М.С. Воронцов в течение трех лет внимательно наблюдал за деятельностью князя Бебутова, изучал его на предмет использования в качестве своего ближайшего сотрудника. Ему нравился этот спокойный и выдержанный генерал, обладавший глубоким и гибким умом, умением общаться с людьми и обращаться с подчиненными. Немаловажное значение имело и то, что князь Бебутов хорошо познал гражданскую службу, управляя Ахалцихом, Арменией, был членом Главного управления Закавказского края в Тифлисе. Ему также импонировало и то, что князь Бебутов был коренным кавказцем, всецело преданным России. Он хорошо знал Кавказ, людей, населявших его. Кроме того, М.С. Воронцов учитывал и то, что князь Бебутов мог устроить и армян, поскольку к ним принадлежал, и грузин, которые с давних пор знали князей Бебутовых как верных слуг грузинского престола. Да и император Николай I еще со времени своей поездки по Армении в 1837 г. был о нем хорошего мнения. К тому же генерал Ладинский, возглавлявший гражданское управление, не нравился наместнику. Он всячески подчеркивал свою лояльность к Воронцову, но нещадно хулил его окружение. И получалось так, что основной удар он, по существу, наносил по Воронцову.
В 1847 г. наместник отправил Ладинского на пенсию. К этому времени он уже определился с его преемником. По предложению наместника Воронцова генерал-лейтенант В.И. Бебутов 8 ноября 1847 г. был назначен председателем Совета главного