Училище отводило для академии во втором этаже три аудитории, выходившие окнами на набережную Большой Невы. Для помощника начальника Морской академии была отведена полутемная комната. Начальником Николаевской Морской академии в то время, по существующему положению, продолжал оставаться директор Морского училища контр-адмирал Д.С. Арсеньев.
В академии в тот период работали известные и опытные педагоги и ученые: А.Н. Коркин (дифференциальное и интегральное исчисления); Г.А. Тиме (аналитическая геометрия, высшая алгебра и аналитическая механика); Н.Я. Цингер (астрономия и геодезия); И.П. Колонг (девиация компаса); К.Д. Краевич (физика); И.Б. Шиндлер (физическая география, океанография, метеорология); И.А. Евневич (прикладная механика и построение машин); А.А. Грехнев (теория корабля); Н.Ф. Лобзин (технология).
Кроме того, известные профессора руководили практическими занятиями слушателей. Среди них особыми познаниями и опытом выделялись А.И. Садовский (физика), И.П. Колонг (математика), И.А. Вилькицкий (астрономия), А.А. Экенберг (проектирование судов).
В соответствии с расписанием слушателям ежедневно читались по четыре полуторачасовые лекции.
Профессор К.Д. Краевич, получивший широкое признание и известность благодаря своему популярному учебнику физики для гимназий, был, кроме того, неплохим организатором учебного процесса. Именно ему академия обязана отлично оборудованным физическим кабинетом. Поступивший в 1888 году в Николаевскую Морскую академию А.Н. Крылов оказался свидетелем того, как профессор Краевич «насилием» вынудил у адмирала И.А. Шестакова, зашедшего в бедно обставленный физический кабинет, значительную денежную сумму на его реорганизацию и закупку нового оборудования.
Помещения академии действительно производили на посетителей и слушателей крайне непривлекательное впечатление. Вот как описывает академик А.Н. Крылов визит в Николаевскую Морскую академию морского министра и адмирала И.А. Шестакова и его беседу с профессором Краевичем: «Адмирал И.А. Шестаков зашел в бедно обставленный физический кабинет Морского училища, в котором тогда читал свою лекцию профессор Краевич.
– Всем ли вы довольны, господин профессор?
– Какое доволен, ваше превосходительство, да здесь ни одного опыта показать не на чем, ни одного измерения произвести нельзя, приходиться читать то, что немцы зовут Kreidephysik – меловую физику и только зря отнимать у слушателей время. Это не курс, а только одна видимость и отбывание номера.
Арсеньев обомлел, видимо думая, что Краевич сошел с ума, если так говорит министру. Но Шестаков был умный человек:
– Что же вам, профессор, надо?
– Помещение, вот эту комнату и три с нею смежных, и денег.
– Сколько?
– Пятьдесят тысяч единовременно и по пять тысяч ежегодно, ваше превосходительство.
– Многовато, могу вам дать на этот год тридцать тысяч единовременно и прикажу вносить в смету по пять тысяч, а дальше видно будет.
Таким образом, благодаря Краевичу, Морская академия получила хороший физический кабинет».
За 25 лет существования Морского училища здание старого Морского корпуса сохранило свой исторический облик. Однако периодически в нем производили некоторые внутренние переделки, значительно улучшившие внешний вид учебных и жилых помещений. Знаменитая старая столовая зала была электрифицирована. Картины и портреты переместили в коридор, соединяющий залу с величественной парадной лестницей.
Аванзал был отремонтирован и оборудован новой мебелью. Музей корпуса не только капитально отремонтировали, но и пополнили новыми экспонатами. За период своего существования Морское училище выпустило из своих стен замечательное пополнение офицеров для военно-морских сил России. Имена многих выпускников вписаны в историю отечественного флота – одни прославились как командиры военных кораблей и флотоводцы, другие стали известны географическими открытиями и исследованием новых земель, третьи – вкладом в военно-морскую и отечественную науку.
Среди его питомцев широко известно имя выпускника 1871 года, героя русско-турецкой войны 1877-1878 годов, капитана II ранга И.М. Зацаренного, участника лихих минных атак на турецкие суда в Черном море. Этот офицер был автором первой отечественной успешной торпедной атаки, пустившей на дно турецкий сторожевой пароход «Интибах».
Широкую известность получил и окончивший училище в 1870 году генерал-лейтенант А.С. Кротков – автор многочисленных научных трудов по артиллерии и истории русского флота. В 1901 году он издал прекрасно иллюстрированную «Историю Морского кадетского корпуса».
Контр-адмирал Э.Н. Шенснович после окончания в 1872 году Морского училища служил на Дальнем Востоке, являлся активным участником русско-турецкой войны, командуя эскадренным броненосцем «Ретвизан». После войны был назначен первым начальником Учебного отряда подводного плавания.
В Цусимском сражении героически сражался и погиб вместе с броненосцем «Адмирал Ушаков» его командир капитан 1 ранга В.Н. Миклуха, отвергнув предложение японцев о сдаче. Выпускник Морского училища 1873 года, он до последней возможности вел неравный бой с двумя японскими броненосцами и погиб, но не сдался.
Участник обороны Порт-Артура, выпускник училища 1875 года, адмирал И.К. Григорович стал последним военно-морским министром Российской империи.
Три его однокурсника трагически погибли в Цусимском сражении. Один из них – капитан I ранга Е.Р. Егорьев, командир крейсера «Аврора».
В неравном бою с японцами затопил свой корабль – броненосный крейсер «Дмитрий Донской», но не сдался капитан 1 ранга И.Н. Лебедев.
Капитан I ранга П.И. Серебряков – командир эскадренного броненосца «Бородино» – являет собой высокий пример выполнения воинского долга. Он также геройски погиб вместе со всей командой и кораблем, но не сдался врагу.
Выпускник Морского училища 1876 года В.В. Игнациус – командир броненосца «Князь Суворов» – был прекрасным художником, оставившим потомкам многочисленные серии акварелей с изображением кораблей отечественных военно-морских сил. Погиб, командуя до последней минуты броненосцем, в Цусимском сражении.
Всем известны имена выпускников училища 1877 года В.Ф. Руднева – командира легендарного крейсера «Варяг», Е.А. Трусова – командира крейсера «Рюрик» и капитана 1 ранга Н.В. Юнга – командира эскадренного броненосца «Орел». Смертельно раненный Н.В. Юнг скончался на борту броненосца и по морскому обычаю был погребен в море.
В 1877 году также закончил училище Ю.М. Шокальский – известный академик, автор капитальных научных трудов по вопросам географии, океанографии, астрономии, картографии и метеорологии. По его инициативе в Монако организовано постоянное международное Гидрографическое бюро.
Шесть географических объектов Северного Ледовитого океана названо в честь выпускника Морского училища 1878 года, известного гидрографа, генерал-лейтенанта А.И. Вилькицкого.
Драматична судьба выпускника училища 1872 года капитана I ранга Н.М. Бухвостова, командира эскадренного броненосца «Император Александр III». Он вместе с кораблем и экипажем геройски погиб в Цусимском сражении. Там же погибли и 16 выпускников Морского корпуса досрочного выпуска 1904 года, добившихся назначения на этот броненосец. Легендарному экипажу броненосца «Император Александр III» в Никольском саду в Петербурге был установлен памятник.
Окончивший училище в 1879 году капитан I ранга С.П. Шейн, командир легкого бронепалубного крейсера «Светлана», до последнего снаряда вел бой с двумя крейсерами противника и погиб в неравном бою 15 мая 1905 года. Однокурсник С.П. Шейна, капитан II ранга М.П. Васильев – первый командир ледокола «Ермак», погиб вместе со своим учителем – адмиралом С.О. Макаровым при взрыве линкора «Петропавловск». Вместе с ними погибли выпускники Морского училища 1884 года капитан II ранга К.Ф. Шульц – известный минер-изобретатель и капитан II ранга А.К. Мякишев – флагманский артиллерист Тихоокеанского флота, автор проекта первого отечественного оптического прицела и оригинальной конструкции дальномера, специалист, разработавший оригинальные принципы применения корабельной артиллерии. Адмирал Н.О. Эссен, окончивший училище в 1881 году, активно участвовал в восстановлении боеготовности отечественного флота после русско-японской войны, командуя Минной дивизией и Балтийским флотом.
Генерал-майор А.А. Реммерт, окончивший Морское училище в 1882 году, правая рука А.С. Попова, был первым офицером-специалистом по радиосвязи в русском флоте.
Его однокурсник, генерал-лейтенант профессор Н.Л. Кладо, получил известность как один из значительных теоретиков военно-морского искусства и тактики. Он является автором капитальных трудов в этой области. При советской власти Кладо стал первым избранным начальником Военно-морской академии.
Окончивший училище в 1883 году первым по списку, генерал-майор В.М.Сухомель вошел в историю как первый начальник Управления военно-морских учебных заведений Рабоче-Крестьянского Флота.